Năm 1836, nhà sinh vật học người Đan Mạch Theodore Edward Cantor miêu tả bốn mẫu vật rắn hổ mang chúa lần đầu tiên với danh pháp khoa học là Hamadryas hannah, ba mẫu được bắt giữ ở Sundarbans và một mẫu ở vùng lân cận gần Kolkata.[13] Năm 1837, danh pháp Naja bungarus được Hermann Schlegel đề xuất nhằm mô tả một mẫu động vật học về rắn hổ mang chúa trên đảo Java.[14] Năm 1838, Cantor đề xuất danh pháp Hamadryas ophiophagus cho loài này và diễn giải rằng loài có đặc điểm răng miệng trung gian giữa hai chi Naja và Bungarus.[15] Năm 1840, danh pháp Naia vittata được Walter Elliot đề xuất dành cho một cá thể rắn hổ mang chúa bị bắt ngoài khơi gần Chennai.[16] Năm 1858, danh pháp Hamadryas elaps được Albert Günther đề xuất dành cho những mẫu vật rắn hổ mang chúa tại Philippines và đảo Borneo. Günther xem xét gộp chung cà hai loài N. bungarus và N. vittata thành H. elaps.[17] Chi Ophiophagus được Günther đề xuất vào năm 1864.[18] Danh pháp được đặt khời nguồn từ xu hướng ăn thịt các loài rắn khác của rắn hổ mang chúa.[19] Đến năm 1882, danh pháp Naja ingens được Alexander Willem Michiel van Hasselt đề xuất dành cho một cá thể loài này bị bắt gần Tebing Tinggi tại miền bắc đảo Sumatra.[20]

Năm 1945, Ophiophagus hannah đã được Charles Mitchill Bogert chấp nhận sử dụng làm danh pháp hợp lệ cho rắn hổ mang chúa, ông cho rằng loài rắn này khác biệt đáng kể với những loài thuộc chi Naja.[21] Một phân tích di truyền sử dụng sắc tố tế bào b[22] và phân tích đa gen cho biết rắn hổ mang chúa là một nhánh ban đầu của dòng dõi di truyền sản sinh ra rắn mamba, chứ không phải rắn hổ mang Naja.[23]

Một phân tích phát sinh loài từ DNA ty thể cho biết rằng mẫu vật tại tỉnh Surattani và Nakhon Si Thammarat ở miền nam Thái Lan tạo nên một nhánh khác biệt sâu sắc với mẫu vật tại miền bắc Thái Lan, gộp nhóm với mẫu vật từ Myanmar và Quảng Đông ở miền nam Trung Quốc.[24]